做完肛瘘手术后停经可能是正常的生理反应。

因为肛瘘手术是一种有创性操作，会对患者的机体造成一定的刺激和损伤，引起内分泌系统的紊乱，从而可能导致停经的现象发生。这种情况下，通常属于正常的生理现象，不需要过于担心。建议定期复查，监测病情变化，以便及时发现异常情况并处理。

如果患者在术后出现明显的腹痛、发热等症状，则需要考虑是否与感染有关。

术后患者应保持局部伤口清洁干燥，避免剧烈运动，以减少不适症状的发生。同时还要注意休息，保证充足睡眠，有利于身体恢复。