睡醒后左侧肩胛骨疼可能是由睡眠姿势不当、枕头过高、肩周炎、颈椎病、胸膜炎引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.睡眠姿势不当

睡眠姿势不当可能导致肌肉过度拉伸或压迫神经，引起局部血液循环不畅和缺血缺氧，从而导致醒来时出现左侧肩胛骨疼痛的情况。睡前选择合适的枕头高度可以有效缓解不适症状。

2.枕头过高

使用过高的枕头会导致颈部处于过度屈曲的状态，使颈部周围的韧带、肌腱等软组织受到牵拉而损伤，进而引发疼痛。此外，还可能加重颈椎病的症状。调整枕头的高度是减轻症状的一种方法，建议高度为8-10厘米左右。

3.肩周炎

肩周炎是一种慢性炎症性疾病，由于长期劳损、外伤等原因导致关节周围软组织发生无菌性炎症反应，炎症因子刺激周围组织产生疼痛感。这种疼痛通常会在早晨起床后加剧，因为睡眠中长时间保持一个姿势会使炎症进一步加重。患者可遵医嘱口服非甾体抗炎药进行止痛治疗，如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等。

4.颈椎病

颈椎病是由颈椎退行性变引起的临床综合征，当突出的椎间盘或增生的骨刺压迫到邻近的颈神经根时，就会引发肩背部的放射性疼痛。夜间睡眠时姿势不良或枕头过高会加重颈椎病的症状，导致晨起时肩部疼痛明显。患者可在医生指导下通过针灸等方式来改善病情。

5.胸膜炎

胸膜炎是指发生在胸膜腔内的炎症，致病因素包括感染性和非感染性两大类。胸膜受炎症刺激时会引起胸部疼痛，在深呼吸或咳嗽时更为明显，因此睡醒后可能会感到左侧肩胛骨处疼痛。此外，胸膜炎还可伴有发热、咳嗽、咳痰等症状。胸膜炎患者需要及时就医，以便进行针对性治疗。例如结核性胸膜炎患者可以在医生指导下服用异烟肼、利福平等药物进行抗结核治疗。

针对睡醒后左侧肩胛骨疼痛的情况，建议患者日常生活中注意休息，避免剧烈运动，以免加重不适症状。若疼痛持续存在，应及时前往医院就诊并完善相关检查，如X线检查、MRI检查等，以排除骨折或其他潜在的骨骼问题。