怀孕5周药流一般能流干净。

因为此时为怀孕初期，胚胎尚未形成，体积较小，容易被完全排出体外，因此通常是可以流干净的。但药流需在医生指导下进行，并密切监测身体反应，如有持续出血或其他并发症迹象，应立即就医。

如果女性存在子宫畸形或宫颈管狭窄等情况，则可能会影响药物的有效性，导致流产不全。

这些因素可能导致胚胎着床不稳定或者难以通过宫颈口顺利排出。

药物流产后，患者应注意观察阴道出血量以及是否有残留物排出，同时还要做好个人卫生护理工作，以免诱发感染。