染色体畸形精子的治疗方法主要包括一般治疗、药物治疗以及手术治疗等，需要根据病因进行综合考虑。

1.一般治疗：如果患者出现这种情况是由于长期不良的生活习惯所引起的，建议患者平时要养成良好的生活习惯，避免熬夜。同时还要注意饮食健康，多吃一些优质蛋白的食物，少吃辛辣刺激油腻的食物。

2.药物治疗：如果是由于精索静脉曲张等原因造成的，可以在医生指导下服用左氧氟沙星胶囊、头孢克肟胶囊等抗生素类药物进行消炎治疗。必要时，也可以合理搭配使用生精片、麒麟丸等中成药进行调理。

3.手术治疗：如果是由于先天性睾丸发育不全等原因造成的，可以通过显微镜下输精管附睾吻合术的方式进行处理，从而达到改善疾病的效果。

除此之外，还可以通过辅助生殖技术等方式来解决生育问题。若期间出现明显不适症状或异常情况，还需及时就医诊治，以免延误病情。