南京治疗胃肠医院选择上，南京鼓楼医院、南京军区南京总医院、南京医科大学附属南京医院、南京市第一医院、南京市中医院都是不错的选择。

1.南京鼓楼医院

南京鼓楼医院是当地一所大型综合医院，提供广泛的医疗保健服务。该医院以其先进的设备、专业的医疗团队以及卓越的胃肠科医疗服务而闻名，因此被评为当地最好的胃肠医院之一。

2.南京军区南京总医院

南京军区南京总医院是一家集医疗、教学、科研于一体的综合性三甲医院，设有多个科室，其中胃肠外科为该院重点科室。该医院拥有一支经验丰富的胃肠外科专家团队，他们能够运用前沿技术开展各类复杂手术，并且以精湛的技术和优质的服务赢得了患者的信赖与好评。

3.南京医科大学附属南京医院

南京医科大学附属南京医院是一所三级甲等综合医院，设有消化内科等多个临床科室。该医院消化内科在胃肠疾病诊治方面具有较高的学术水平和临床经验积累，其医护人员经过专业培训并具备扎实的基础知识及实践经验，能够为患者提供高质量的诊疗服务。

4.南京市第一医院

南京市第一医院是南京市的一家大型公立医院，设有多个科室，包括消化内科。该医院消化内科拥有先进的诊断设备和技术，可以有效地诊断和治疗各种胃肠道疾病，在当地享有良好的声誉。

5.南京市中医院

南京市中医院是一所集医疗、教学、科研为一体的中医医院，设有脾胃病科等临床科室。该医院脾胃病科擅长运用中医药疗法治疗慢性胃肠疾病，如功能性消化不良、慢性胃炎等，具有显著疗效，深受患者欢迎。

在选择胃肠医院时，应考虑医院的专业性、医生的经验以及是否采用最新的治疗方法。同时，建议定期进行胃肠健康检查，注意饮食卫生和个人卫生习惯，以预防胃肠疾病的发生。