自然分娩16天，小腹隐隐作痛可能是由于子宫收缩、盆腔炎、子宫内膜炎、阴道炎等原因导致，建议根据不同的原因进行治疗，自己不要盲目用药，以免导致病情加重。

1、子宫收缩：自然分娩后子宫会通过收缩将宫腔内的积血、残留物排出体外，在子宫收缩的过程中，可能会刺激局部神经导致小腹隐隐作痛，属于正常的生理现象，不需要进行特殊治疗，建议产妇注意休息、保暖，可以用热水袋热敷腹部，缓解疼痛;

2、盆腔炎：自然分娩后，产妇的身体比较虚弱，容易受到病菌侵入，当病菌上行感染盆腔时，则会导致盆腔组织充血、水肿，继而出现炎症，炎症刺激盆腔内神经，会导致小腹隐隐作痛，并伴有白带异常、月经紊乱等症状，可以在医生指导下使用妇科千金片、甲硝唑片等药物缓解;

3、子宫内膜炎：如果在自然分娩时，导致细菌进入子宫腔内，可能会导致子宫内膜发生炎症，炎症因子刺激子宫内膜，可能会导致子宫内膜脱落，出现小腹隐隐作痛的现象，伴有月经紊乱、分泌物增多等症状，可遵医嘱使用金刚藤胶囊、妇炎康片等药物治疗;

4、阴道炎：自然分娩后，由于不注意局部卫生，导致阴道受到病菌感染，则炎症因子会刺激阴道黏膜，导致阴道黏膜充血、肿胀，继而出现小腹隐隐作痛的现象，伴有白带增多、瘙痒等症状，可遵医嘱使用克霉唑栓、硝酸咪康唑阴道片等药物治疗。

建议产妇去医院产科就诊，通过血常规、分泌物检查等明确病情，然后遵医嘱进行治疗，避免病情加重。