地衣芽孢杆菌活菌胶囊一般不可以长期吃，以免产生不良反应。患者应在医生指导下服用药物。

1.可以：如果患者存在肠道菌群失调的情况，并且在遵医嘱服用该药后，症状得到了改善，则通常是可以长期吃的。因为这种情况下，患者的病情可能比较稳定，而且身体也已经逐渐恢复健康了。但是需要注意的是，在服用地衣芽孢杆菌活菌胶囊期间，患者要注意饮食清淡，避免食用辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免影响药效。

2.不可以：但如果患者没有遵医嘱私自加大剂量或者延长用药时间，可能会导致胃肠道受到一定的损伤，从而出现腹胀、腹泻等症状。因此是不建议长期吃的，需要严格遵照医嘱进行用药治疗。

除此之外，对该药物过敏的患者也不宜使用此药。若服药三天后症状无缓解或加重者，应及时去医院就诊。