肛门指检里面有痘痘可能是痔疮、尖锐湿疣等疾病导致的。患者需要根据不同的病因对症治疗。

1.痔疮：由于长期久坐或者不良饮食习惯等因素引起直肠黏膜静脉回流受阻，使局部出现扩张和充血形成肿块，从而在肛门指检时发现有痘痘的情况发生。如果症状比较轻微，可以使用高锰酸钾溶液坐浴进行缓解，也可以遵医嘱口服迈之灵片、草木犀流浸液片等药物辅助改善。必要时可以通过手术切除的方式进行治疗。

2.尖锐湿疣：通常是人乳头瘤病毒感染引起的以肛周皮肤增生性损害为主要表现的一种性传播疾病。通常会出现菜花状或鸡冠状淡红色丘疹，可发生在肛周部位，在肛门指检的时候会发现有痘痘的现象。可以在医生指导下涂抹咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗。同时还可以通过激光、冷冻等方式去除疣体。

日常生活中要注意个人卫生，勤换内裤，避免不洁的性生活。