自发性气胸两年后疼可能是由继发性肺部感染引起的。

自发性气胸是指没有外伤等原因导致的肺部气体积聚，此时患者的肺部可能存在一定的损伤或者病变，容易受到细菌侵袭而引发感染，炎症刺激局部可引起疼痛症状。

自发性气胸两年后疼还可能与复发、慢性阻塞性肺疾病急性加重、胸膜炎等有关。

这些情况都可能导致肺部压力变化或结构改变，从而引起疼痛。

患者应避免剧烈运动，以减少肺部压力变化的风险，并定期复查胸部X光或CT扫描，监测病情变化。