多发性肝囊肿伴有肝区疼痛可能是非病理性因素导致的，也有可能是病理性因素引起的，比如胆道梗阻、感染等。患者需要及时去医院就诊，在医生指导下进行针对性治疗。

一、生理性因素

如果在检查时发现肝脏有多个囊肿，并且没有出现明显的不适症状，一般不需要特殊处理。平时要注意饮食清淡，避免吃辛辣刺激性的食物，以免对病情造成影响。

二、病理性因素

1.胆道梗阻：由于肝内存在结石或者肿瘤等因素，会导致胆管堵塞，从而引起上述情况。如果是结石所造成的，可以通过体外冲击波碎石术的方式进行治疗。如果是肿瘤所引起的，则需要通过手术切除的方式进行改善。

2.感染：如果不注意个人卫生，不洁的性生活等原因，容易受到细菌的入侵，诱发炎症反应，也会出现这种情况。可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行抗感染治疗。

除此之外，还可能与寄生虫感染有关。建议患者遵医嘱用药，不可私自盲目使用。若期间出现明显不适，还需及时就医诊治，以免延误病情。