睡觉醒来牙齿酸痛、口臭，可能是由于龋齿、牙龈炎、牙周炎、根尖周炎等疾病导致。建议患者及时到医院就诊，完善相关检查，明确诊断后进行针对性治疗。

1、龋齿：如果平时不注意口腔卫生，可能会导致细菌滋生，从而引起龋齿。当龋坏组织靠近牙髓时，可出现睡觉醒来牙齿酸痛、口臭的情况。此时可以遵医嘱服用甲硝唑片、阿莫西林胶囊等药物缓解症状；

2、牙龈炎：如果平时不注意口腔卫生，可能会导致食物残渣堆积在牙齿缝隙中，从而引起牙龈炎。炎症刺激牙龈组织时，可出现睡觉醒来牙齿酸痛、口臭的情况。此时可以遵医嘱服用头孢克肟分散片、罗红霉素片等药物缓解症状；

3、牙周炎：如果存在牙周炎，也可能会导致睡觉醒来牙齿酸痛、口臭。因为炎症会刺激牙周组织，从而出现上述情况。此时可以遵医嘱服用盐酸米诺环素胶囊、替硝唑片等药物缓解症状；

4、根尖周炎：如果患有根尖周炎，在炎症的刺激下也会出现睡觉醒来牙齿酸痛、口臭的症状。此时可以遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等药物缓解症状。

此外，如果患有扁桃体结石，也可能会出现此类情况。如果结石体积较小，并且没有不适症状，则不需要特殊处理。但如果结石体积较大，并且伴有疼痛等症状，则需要及时就医，在医生指导下将结石取出。