孕酮低一般不会影响胎儿智商，但是可能会导致先兆流产、胚胎停育等情况。

1.先兆流产：如果孕妇在怀孕期间出现孕酮偏低的情况，并且没有得到及时治疗，可能会影响胎儿的生长发育，甚至还会诱发先兆流产的情况。此时患者可以在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。

2.胚胎停育：如果孕妇存在染色体异常的情况，则容易导致胚胎停止发育，从而出现孕酮低的现象。建议孕妇需要及时就医，在医生指导下通过刮宫术等方式终止妊娠。

除此之外，还可能会引起习惯性流产、早产等情况，建议孕妇定期到医院进行复查，了解胎儿的生长发育情况。