怀孕三个月孕酮低是否影响胎儿，需要根据具体情况进行判断。如果孕妇的黄体功能不全，则可能会导致孕酮水平较低。

1.不会：如果孕妇在怀孕期间出现轻微的孕酮偏低的情况，并且没有伴随其他不适症状，比如腹痛、阴道出血等，一般不会对胎儿造成太大的影响。建议患者及时到正规医院进行相关检查，在医生指导下使用药物治疗，如地屈孕酮片、黄体酮胶囊等，同时还要注意多休息，避免过度劳累。

2.会：但如果孕妇的黄体功能不全，则会导致体内孕激素分泌不足，从而引起孕酮低的情况发生。此时则会影响胎儿的生长发育，严重时还会诱发先兆流产等情况的发生。因此当确诊为黄体功能不全后，可以在医生指导下服用黄体酮胶囊、保胎灵胶囊等药物进行调理治疗。

另外，建议孕妇定期去医院做产检，随时关注腹中胎儿的身体健康以及成长情况。若出现异常或有不适，应及时就医诊治，以免延误病情。