肛门指检两天后肛门还很痛可能是正常现象、也有可能是由于局部感染导致的。建议患者及时就医，在医生指导下进行针对性治疗。

一、非病理因素

1.正常现象：在做肛门指检时会对肛周组织造成一定的损伤，从而引起疼痛的情况发生。一般属于正常的生理现象，不需要特殊处理，通常在一段时间后会逐渐缓解。

二、病理性因素

2.局部感染：如果在做完肛门指检之后没有做好个人卫生工作，可能会使细菌侵入到伤口部位，从而引发炎症反应，出现上述症状，并伴有红肿、发热等不适症状。此时可在医生指导下使用高锰酸钾溶液坐浴的方式改善，同时可配合服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等抗生素药物辅助治疗。

3.痔疮：若本身患有痔疮疾病，在做肛门指检时会导致病情加重，所以会出现上述情况，并伴有排便困难、大便出血等症状。此时可在医生指导下外用马应龙麝香痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏等药物涂抹患处帮助改善，必要时也可采取手术切除治疗。

除此之外，肛裂、肛瘘等原因也会导致该情况的发生。因此当自身无法明确病因的情况下，要及时前往医院就诊，以免延误病情。