肛门指检里面有小凸起可能是痔疮、尖锐湿疣、直肠息肉等原因引起的。患者需要根据不同的原因采取相应的治疗措施。

1.痔疮：如果平时不注意饮食健康或者长时间久坐，可能会导致肛管或直肠下端静脉充血肿大，从而形成痔疮。在进行肛门指检时，可以触摸到局部有小的突起物，并且会伴随疼痛的症状。建议患者可以在医生指导下使用复方角菜酸酯乳膏、氢化可的松乳膏等药物方式辅助改善，同时还要调整好生活方式，避免吃辛辣刺激的食物，比如辣椒、大蒜等。

2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的一种性传播疾病，在肛周皮肤黏膜会出现淡红色的小丘疹，并且会逐渐增大增多，呈鸡冠状或者是菜花样的赘生物。此时可以通过激光、冷冻等方式将疣体去除掉，然后再遵医嘱涂抹咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物来缓解症状。

3.直肠息肉：直肠息肉是指从肠腔内突出向肠腔外生长的隆起性病变，通常是由于炎症反复刺激所造成的，会导致便意频繁、里急后重等症状。随着病情的发展，还会出现腹痛、腹泻等情况。一般情况下，体积较小的直肠息肉可以通过手术切除的方式来进行治疗，如果是比较大的直肠息肉，则需要通过全结肠切除加回肠造口术等手术方式进行治疗。

除此之外，也有可能是肛瘘等原因引起的，建议及时就医治疗。