龟头炎用甲硝唑后疼痛可能是药物副作用引起的。

甲硝唑是一种抗菌药，通过干扰细菌的生长周期来起到抑菌作用，但在杀灭有害菌的同时，也可能会对正常细胞造成一定的损伤，因此会引起局部不适症状。如果疼痛程度较轻且能够耐受，则不必过于担心；若疼痛加剧或伴有其他异常表现，则应尽快停药并向医生咨询。

龟头炎患者使用甲硝唑后出现疼痛可能与龟头部位皮肤受到药物刺激有关，也可能与龟头炎加重、继发感染等因素有关。

在治疗龟头炎的过程中，患者应注意个人卫生，避免过度清洗和使用刺激性强的清洁用品，以免加重炎症反应。同时，应保持患处干燥，避免潮湿环境，以促进病情恢复。