头颅开裂3个月后疼痛可能由软组织损伤、颅内压增高、慢性感染等引起，需及时就医进行详细检查以确定具体原因。

头颅开裂可能导致软组织损伤，如头皮、肌肉或神经受损，这些部位的损伤在愈合过程中会产生一定程度的不适感。此外，由于头颅开裂会导致脑膜完整性受到破坏，脑脊液循环受阻，从而引起颅内压增高，患者会出现头痛的症状。若未及时处理，颅内压持续升高会进一步加重头痛症状，并可能导致严重的并发症，因此需要尽快就医。

如果患者存在高血压病史，此时出现头部疼痛，则可能是血压控制不佳导致的继发性头痛。这与原发性头痛不同，其病因明确且通常有相应的治疗措施。

针对头颅开裂后的疼痛问题，在恢复期间应避免剧烈运动，以免增加大脑压力，还要定期监测头部状况，以便早期发现并处理任何潜在的问题。