先天性肥厚性幽门狭窄的并发症包括脱水、电解质紊乱、吸入性肺炎等，但是否严重需要看具体病情发展。
该疾病主要是因为幽门部肌肉肥厚而引起的消化道梗阻，此时可能会出现恶心、呕吐以及上腹部膨隆的情况发生，当患者频繁呕吐时就会引起上述并发症的发生。若及时发现并进行有效的治疗，通常不会对生命造成威胁；但如果延误诊治，任由其发展则有可能会引起严重的并发症，甚至危及生命。
先天性肥厚性幽门狭窄还可能伴随贫血、生长迟缓等并发症。
这些并发症可能是由于长期营养不良导致的铁储备不足或蛋白质-能量消耗所致。
面对先天性肥厚性幽门狭窄，家长要定期带孩子到医院做体检，以便早期发现并处理可能出现的并发症。同时保证孩子的饮食均衡，避免过度喂养以减少胃肠道压力。
