舟山市妇幼保健院组建于1994年底，是一所集医疗、保健、科教为一体的专科医院，是舟山市100万人口的妇女儿童医疗、保健中心。2009年5月12日，原舟山市人民医院、舟山市妇幼保健院、舟山市中医骨伤联合医院整合为舟山医院，医院又名舟山医院妇幼保健院区。2011年7月，医院成功创建成为三级甲等妇幼保健院。2013年4月21日，位于定海人民南路30号的舟山市妇幼保健院搬迁至定海人民北路238号，医院正式挂牌舟山医院定海院区、定海区人民医院、舟山市妇幼保健院。
迁址城北后，医院占地面积82亩，就医环境和诊疗条件大大改善，医院布局更科学合理。医院主要包括门诊楼、急诊楼、妇女儿童保健楼、住院①号楼(妇、产、儿、外科)、住院②号楼(内科、针推康复科)。包括感染性疾病科和突发病房，院区床位总数为570张。根据舟山医院医疗资源布局调整功能定位，舟山医院安排总部的医疗专家在城北院区开设专家专科门诊。院区的专家门诊增加至106个，专科门诊增加至43个。
人才队伍：医院有在职职工650人。卫技人员490人，其中正高职称21人，副高职称89人，中级职称160人;硕士20人，浙江省151人才6人，省级名中医1人，舟山市专业技术拔尖人才2人，舟山市111工程人才10人。
重点学科：医院有生殖医学中心、产前诊断中心、新生儿疾病筛查中心等。有市级重点学科2个(妇科微创治疗、生殖内分泌)，市局级重点学科3个(围产医学、儿童消化、儿童保健)，市局级重点专科3个(新生儿重症医学、儿童内分泌、小儿眼科)。
医疗特色：医院的妇、产、儿科医疗技术水平一直保持市内领先。
妇科开展无痛人流术，宫腔镜下嵌顿环的取出术。妇科肿瘤的手术治疗：如宫颈癌广泛性子宫切除及盆腔淋巴结清扫术，卵巢恶性肿瘤细胞减灭术等。张力性尿失禁及子宫脱垂的手术治疗：如经闭孔无张力尿道中段悬吊术、阴道前后壁修补、盆底重建术、阴式子宫全切术等。腹腔镜下的各类妇科手术：如腹腔镜下子宫肌瘤剔除术，子宫全、次全切除术，腹腔镜下卵巢肿瘤切除、不孕症、宫外孕手术等。宫外孕保守治疗。担负各种急危重症病人的抢救。妇科微创诊治方面成效显著，于2010年2月通过省四级妇科内镜诊疗技术审核，成为我市唯一一家合法开展该技术的诊疗单位;产科质量和应急抢救能力不断提高，成功抢救了羊水栓塞、子痫并发颅内出血、DIC、重症甲流孕产妇等多例危重孕产妇;儿科成功救治了1200克极低体重儿、新生儿呼吸窘迫综合症、上消化道大出血、新生儿重症肺炎、新生儿室上性心动过速、危重症手足口病等多例重症患儿。生殖医学中心建有舟山唯一的男性精子功能实验室，开展了人工授精辅助生育技术等。
妇幼保健：医院坚持立足海岛，坚持保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针。开展以群体保健和个体保健为主要职能的妇女儿童保健服务，以围产保健、儿童保健重点学科为引领，开展高危孕产妇诊治、产前诊断、儿童生长发育监测、高危(体弱)儿管理和矫治、妇女儿童营养评估、儿童心理行为异常矫治、青春期保健、更年期保健等特色专科服务，促进和维护妇女儿童健康，保障母婴安全。
近5年，医院开展新技术新项目120余项，承担省部级科研课题8项，厅市级课题30项;市级以上获奖10项;在省级以上杂志发表论文357篇，国家级杂志81篇，其中中华系列专业杂志发表14篇。医院是温州医学院、南昌大学医学院、吉林医药学院、海洋学院医学院、荆州职业技术学院临床实习基地。
曾获“国家级爱婴医院”、“全国明明白白看病百姓放心医院”、“杨崇瑞妇幼卫生基金奖”、“ 全国卫生系统护理专业巾帼文明岗”、“全国三八红旗集体”、“全国卫生系统先进集体”、“省产前诊断工作先进单位”、“省平安医院”、“省孕产妇保健工作示范单位”、“省妇幼保健工作先进集体”、“省节水型单位”、“省级示范孕妇学校”、“省无烟单位”、“省级绿色医院”、“省健康促进医院”“市级文明单位”等荣誉称号。
医院拥有16排螺旋CT、核磁共振(MRI)、数字血管减影(DSA)、LA(直线加速器)等37台50万元以上设备。除开展常规的CT检查、MRI检查、DSA介入治疗、LA放疗等诊疗项目外，还有全自动染色体核型扫描工作站、时间分辨荧光免疫分析系统、全数字乳腺钼靶机等具有妇幼保健特色的医疗业务项目开展。