三个月婴儿枕秃可能是由维生素D缺乏、钙质缺乏、睡眠环境不当、头皮湿疹、头癣等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素D缺乏

维生素D有助于促进钙吸收和利用，若婴儿体内缺乏维生素D，则会导致骨骼发育不全、颅骨软化等现象。这些因素可能导致头部疼痛，进而影响睡眠质量。可通过日晒以及医生指导下的补充维生素D制剂来改善状况。

2.钙质缺乏

钙是构成骨骼和牙齿的重要元素，缺钙会影响骨骼健康，导致生长发育迟缓，从而引起枕部头发稀疏的现象。可以通过食物摄入如牛奶、酸奶等富含钙的食物进行补钙，也可以遵医嘱服用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3咀嚼片等药物进行补钙。

3.睡眠环境不当

睡眠环境不当包括温度过高、过低、噪音过大等因素，这些因素都可能干扰婴儿的正常睡眠模式，导致其频繁醒来并辗转反侧。调整睡眠环境是解决这个问题的关键。可以尝试使用耳塞或其他噪音降低设备来减少噪音干扰。

4.头皮湿疹

头皮湿疹是由多种内外因素所诱发的一种皮肤炎症反应，可出现瘙痒等症状，导致患儿搔抓头皮，长期如此则会出现枕秃的情况发生。患者可在医生指导下局部涂抹炉甘石洗剂、他克莫司软膏等药物进行治疗。

5.头癣

头癣由真菌感染引起，具有一定的传染性，可通过直接接触传播给他人。典型表现为脱发斑块、鳞屑和头皮炎症状，严重时可能出现脓疱、痂皮覆盖等情况。头癣的治疗通常需要使用外用抗真菌药膏或洗发水，例如酮康唑洗剂、盐酸特比萘芬乳膏等。

建议定期监测孩子的身高增长情况，以评估维生素D缺乏对生长发育的影响。必要时，应进行微量元素检测和体格检查，以确定确切诊断并制定相应治疗计划。