生理性卵巢囊肿一般不会影响月经。

生理性卵巢囊肿是由于体内雌孕激素比例失调、卵泡膜细胞增生等原因导致的，这些因素并不会直接干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的功能活动，因此不会对月经产生明显的影响。

若患者存在子宫内膜异位症或黄体功能不足等疾病，则可能会因为内分泌紊乱而引起月经不调的现象。

对于生理性的卵巢囊肿，通常无需特殊处理，定期复查即可；而对于病理性的卵巢囊肿，则需要及时就医，在医生指导下通过手术切除的方式治疗。