男性结扎后输精管不会自然疏通。

男性结扎是通过外科手术将双侧输精管进行结扎、切断，以阻止精子从体内排出，从而达到绝育的目的。这种性的手术方式使得输精管失去了再生和修复的能力，因此输精管不可能自行恢复通畅。如果希望再次拥有生育能力，通常需要进行输精管再通术等相应的治疗措施。

个别情况下，极少数患者在结扎术后可能会出现输精管部分复通的现象，但这种情况非常罕见。

需要注意的是，在考虑进行输精管结扎术时，应充分了解其性，并确保此决定符合个人意愿和长期规划。