灌肠治疗对肛窦炎有较好的疗效，但具体效果因个体差异而异。

灌肠治疗可以直接将药物送入直肠和结肠，提高局部用药浓度，发挥消炎止痛的作用，有利于控制肛窦炎的发展。对于单纯性肛窦炎，病情较轻者，及时发现并接受规范化治疗通常预后较好，此时使用灌肠治疗可取得较好的效果。

但对于复杂性肛窦炎，尤其是伴有其他肛周疾病如痔疮等的患者，由于病程较长且易反复发作，此时使用灌肠治疗可能效果有限。

如果患者对灌肠治疗存在恐惧或不适感，或者存在禁忌证如严重心血管疾病，则可以考虑口服抗生素治疗，如头孢克肟、阿莫西林克拉维酸钾等。

在实施灌肠治疗时，应注意保持肛门周围清洁干燥，并遵循医嘱选择合适的药物以减少不良反应的发生。此外，患者应定期复查，监测病情变化，以便及时调整治疗方案。