新生儿呼吸停顿两三秒可能是围产期窒息、先天性心脏病、颅内出血、感染性肺炎、羊水吸入等疾病的表现，这些疾病都可能导致呼吸功能异常。由于新生儿呼吸停顿可能危及生命，应立即就医以确定具体原因并接受适当治疗。

1.围产期窒息

围产期窒息指胎儿出生前后的缺氧状态，可能导致中枢神经系统受损，引起呼吸暂停。围产期窒息后需要进行脑电图监测以评估大脑功能。

2.先天性心脏病

先天性心脏病可能影响心脏的血流动力学平衡，导致血液回流至肺动脉，使肺部过度膨胀和通气不足，进而出现短暂的呼吸停止。先天性心脏病的治疗通常包括手术矫正异常血管通道，如开胸直视下修补术。

3.颅内出血

颅内出血是由于早产儿头部未发育完全，颅骨缝合不紧，容易受到外力冲击而发生损伤。当颅内出血时，会导致颅内压力增高，压迫脑干，从而引起呼吸暂停。针对颅内出血的治疗主要是控制原发病因，如降低血压、止血等，同时预防继发性脑损害，可使用降压药如硝苯地平片、卡托普利片等。

4.感染性肺炎

感染性肺炎是由细菌、病毒或其他病原体引起的肺部感染，这些病原体会产生炎症因子，刺激呼吸道黏膜，引起局部水肿和分泌物增多，导致气道阻塞，进而引发呼吸暂停。感染性肺炎的患者可在医生指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等药物进行抗感染治疗。

5.羊水吸入

羊水吸入是指胎儿在分娩过程中吞咽了羊水，羊水中含有多种生物活性物质，对呼吸道具有刺激作用，会引起反射性的咳嗽和呼吸暂停。轻度羊水吸入无需特殊处理，重度羊水吸入需密切观察患儿的生命体征，必要时给予吸痰、氧气疗法等急救措施。

建议定期带孩子到医院进行体检，特别是对于有家族史的高危人群，应特别关注心血管系统和呼吸系统的健康状况。可以考虑进行超声心动图、染色体分析以及新生儿听力筛查等检测项目来评估孩子的健康状况。