新生儿化脓性脑膜炎经过积极治疗后，一般不会留下明显的后遗症。

该疾病主要是由致病菌侵犯软脑膜及其血管系统所引发的炎症性疾病，如果能够早期发现并进行针对性治疗，如使用抗生素如青霉素、头孢曲松等药物来控制感染，防止病情进一步发展，通常不会对婴儿的大脑造成性的损害。

极少数情况下，由于感染引起的神经损伤可能会导致长期的认知或运动障碍。这通常是因为感染导致的脑部组织破坏超过了正常的修复能力。

在新生儿患有化脓性脑膜炎时，家长需密切监测孩子的症状变化，并按医嘱完成整个疗程以减少后遗症风险。

同时，在康复阶段，应定期评估孩子的发展状况，确保其获得适当的康复训练和支持。