睡觉起来肩胛骨的筋疼可能是睡眠姿势不当、枕头过高、软床导致脊柱生理曲度改变、肌纤维组织炎、肩周炎等病因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的治疗。

1.睡眠姿势不当

睡眠姿势不当可能导致肌肉过度拉伸或压迫神经，引起局部血液循环障碍和缺血缺氧，从而出现疼痛。睡前适当热敷、按摩放松肩部肌肉，调整睡姿一般可以缓解不适。

2.枕头过高

枕头过高会使颈部处于过度屈曲的状态，使颈椎前缘受到较大的压力，刺激周围的韧带等组织，进而诱发不适。选择合适的高度有助于减轻不适症状，必要时可遵医嘱使用颈托进行固定。

3.软床导致脊柱生理曲度改变

软床会导致脊柱无法保持正常的生理曲度，长时间如此会引起背部肌肉劳损，从而产生酸痛感。建议患者及时更换硬板床，以减少对身体的压力。

4.肌纤维组织炎

肌纤维组织炎是由于长期慢性劳损或寒冷潮湿等因素引起的肌肉纤维炎症，夜间睡眠时局部血液循环减慢，炎症因子刺激周围组织，导致肩胛骨处疼痛。患者可通过针灸等方式促进局部血液循环，改善不适症状。

5.肩周炎

肩周炎多由肩关节周围软组织退行性变引起，炎症反应导致肩关节囊及其周围韧带、肌腱、滑囊、关节唇等结构发生炎症和粘连。睡眠中体位不当可能加剧炎症和粘连的程度，引起肩胛骨处疼痛。非甾体抗炎药如布洛芬可用于缓解疼痛和炎症，但需谨慎使用，遵医嘱服用。

针对睡眠醒来后肩胛骨疼痛的情况，建议进行X光片、MRI或超声波检查，排除骨折或其他潜在的骨骼损伤。日常生活中注意保暖，避免长时间低头玩手机或者伏案工作，以免加重病情。