肛门指检和肛镜检查通常是指肛门直肠检查，肛门直肠检查比肛门指检痛苦，但是两者检查方式不同，原因也不同，而且两者检查所采用的探头也不同，导致疼痛感也不同。

一、肛门指检：

检查时，受检者取侧卧位或截石位，检查者先对肛门和肛门周围进行清洁，然后将手指经肛门口轻轻插入直肠内，感受有无内痔、息肉、肿瘤及肛乳头肥大等。如果肛门有狭窄或者紧缩感，可以触摸其边缘，如果触摸到黏膜和组织，可以取病理活检，由于是在直肠内进行检查，不会对周围组织造成损伤，疼痛可能较轻微。

二、肛门镜检查：

1、普通检查：在检查时，可以取侧卧位或者截石位，先对肛门和肛门周围进行消毒，然后将肛门镜探入直肠内，向病变部位仔细观察，主要观察局部是否有痔核、肿瘤、炎症等病变;

2、染色：可以明确局部是否有息肉、肿瘤以及血管瘤等病变，主要是借助染色的特殊染色剂，在病变部位染色后，再使用相应仪器进行放大、显微外科手术操作，可以观察到微小病变;

3、注气：可以明确是否有肛裂等情况，主要是通过注气扩张肛管，能够观察到局部是否有肛裂病变;

4、退镜：可以观察到局部是否有直肠息肉或者直肠肿瘤，因为当直肠息肉或者直肠肿瘤过大时，通过肛门镜检查可发现异常情况。

通常肛门指检和肛门镜检查都可以用于筛查早期的直肠癌，但是两者各有优缺点。对于未能进行肛门指检的患者，可以选择肛门镜检查。通过肛门镜检查可以观察到全结直肠的病变情况，可以观察到肿瘤的位置、大小、数目等，而且可以取活检进行病理学检查。但是对于局部炎症明显的患者，不适合进行肛门镜检查。