牙周囊肿通常能做根管治疗，但在某些特殊情况下，不能完全取代根管治疗。牙周囊肿分为牙源性囊肿和非牙源性囊肿，无论是牙源性囊肿，还是非牙源性囊肿，都需要通过手术进行治疗。

一、牙源性囊肿：

1、慢性根尖周炎：当患者存在慢性根尖周炎时，可能会在牙周膜内形成慢性炎症性肉芽肿，此时可采用根管治疗的方法，将慢性炎症性肉芽肿清除，同时打开牙髓腔，去除感染源，使根尖的炎症逐渐消退;

2、慢性根尖周炎瘘管：当患者的牙髓出现炎症时，若不及时进行治疗，可能会出现慢性根尖周炎瘘管，此时可通过手术切除瘘管，并进行相应的根管治疗以及修复。

二、非牙源性囊肿：

1、颌骨囊肿：如果患者发生在上颌，可能会形成含有液体的囊肿，称为角化囊肿。此时可以直接进行手术切除，但需要注意与上颌窦癌相鉴别;

2、含牙囊肿：如果患者出现含牙囊肿，并且未及时进行治疗，当含牙囊肿成长到一定程度时，则可能会破坏周围的骨质，造成不良的影响。此时需要采用手术切除牙源性囊肿，并对患牙进行根管治疗以及修复。

因此，建议患者发生牙周囊肿后，应及时到医院就诊，在医生的指导下选择合适的治疗方案，以免延误病情。在日常生活中应注意保持口腔卫生，勤刷牙、漱口，以免导致口腔内细菌繁殖，从而加重病情。