芜湖市第三人民医院(市传染病医院)创建于1973年，是皖南地区最早建立的传染病专科医院。主要承担一市三县和皖南地区的传染病防治任务。医院位于城市东南部，袁泽桥东侧，距中心商业区5公里。医院老区占地面积9000平方米，建筑面积6520平方米，由行政楼、体检中心、社区卫生服务中心组成;新区占地面积11772平方米，建筑面积7242平方米，由门诊楼、住院楼及辅助用房组成。医院编制床位200张，职工151人，其中卫生技术人员126人，高级职称14人，中级职称61人，初级职称44人。是省卫生厅批准的政府举办的非营利性公共卫生事业单位，是全市SARS、禽流感、性病、艾滋病、手足口病定点医疗机构。芜湖市和宣城市职工、居民医保(新农合)定点医疗机构。
医院设有肝病科、皮肤性病科、肝胆外科、放射介入科、血液净化中心、检验科、药品配送中心等临床医技科室。其中肝病科是医院的重点专科，专治各型肝炎、肝硬化、肝腹水、肝癌等肝病。首家引进人工肝支持系统，提高了重症肝炎的抢救成功率。运用介入化疗各期肝癌，为肿瘤患者提供了高效、价廉的治疗方法。其中腹水浓缩回输技术治疗肝硬化腹水和血浆置换与自血光量子联合治疗重型肝炎等科研项目分获省、市科技进步奖。
医院利用日元贷款81万美元，自筹资金100万元，配置了日本日立多项目全自动生化分析仪、800毫安数字化胃肠机、法国梅里埃全自动微生物分析系统及血培养仪、日本奥林巴斯纤维胃镜、5分类血球仪、PCR荧光扩增仪、细菌内毒素检测仪、飞利浦HD3SE2.0彩超、美国熊牌呼吸机、德国西门子移动X射线机、伟力人工肝支持系统、腹水超滤浓缩回输仪、电脑肝病治疗仪、美国惠普多功能心电监护仪等检测、治疗设备。
筹建中的市三院东门街道社区卫生服务中心建筑面积3000平方米，辖海南渡社区卫生服务站，建筑面积160平方米。该中心将按规范化建设标准进行建设，设老年病房、残疾人康复中心，提供医疗、预防、保健、康复、计划生育指导、健康教育“六位一体”服务，为附近社区及开发建设中的镜湖新城、绿地镜湖新世纪等大型社区十余万居民服务。
经过近三十年的建设和发展，市三院已成为专业从事传染病检测、监控、科研、防治为一体的专科特色医院。1990年被市政府命名为市级文明单位，2006年荣获市卫生系统先进单位光荣称号。