文山州中医医院成立于1985年9月1日，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的三级甲等中医医院，
医院坚持科技兴院、人才强院、质量建院的战略方针，拥有一支政治素质高、医术精湛、医德医风好、结构合理的人才队伍，注重学科建设和技术创新，大力引进和开展新技术、新项目，医院整体医疗技术水平显著提高。引进并成功开展了腔镜、微创、钬激光泌尿系结石、血液透析、中药结肠透析、透析液结肠透析、筛查早期上下消化道癌并进行镜下电刀切除、镜下肿瘤注射化疗、骨密度测定等新技术以及冬病夏治“三伏贴”、“热敏灸”等中医特色治疗项目。通过几年的努力，医院荣获州级科技进步奖33项，其中二等奖6项，三等奖27项。现参与国家科技重大专项课题和省教育厅科学研究基金项目各1项。
医院注重发挥中医优势，突出中医特色，提出了“中医特色优先发展”战略，初步形成了“院有专科、科有专病、病有专药、人有专长”的学科建设格局。通过几年的努力和发展，逐步形成了心脑科、针推科两个特色专科，骨伤科、肛肠科和康复科被云南省卫生厅批准为省级重点专科，针推科为农村医疗机构中医特色专科建设单位。
借助国家支持和发展中医药的契机，文山州中医医院争取到国家扩大内需中央预算内投资计划—重点中医医院建设项目，并于2012年3月整体搬迁。在医院新址上，文山州中医医院将继承和发扬传统中医药之精髓，并以全新的面貌及不变的热诚为文山城区各族人民的医疗健康贡献更高效、优质的服务。
为“云南中医学院教学医院”和“中国中医科学院广安门医院临床研究基地”，先后荣获“云南省中医药先进集体”、“云南省卫生系统行业作风先进单位”、“云南省2000—2001年度妇女巾帼建功活动先进集体”、“全国医院文化建设先进单位”、“云南省三八红旗集体”等先进称号。医院荣获州级科技进步奖33项，其中二等奖6项，三等奖27项。现参与国家科技重大专项课题和省教育厅科学研究基金项目各1项。