先天性鼻孔闭锁手术后通常没有长期的后遗症。

该疾病主要是由先天因素导致的，而手术则是针对解决这种先天性的问题，因此不会对身体造成持久的影响。但是，在极少数情况下，如果术后护理不当或者存在其他并发症，可能会引发一些短期的不适，但这些都属于暂时的情况，经过适当的处理和恢复，大多可以得到缓解。

对于严重的病例，可能需要多次手术才能完全纠正呼吸问题。

在考虑接受先天性鼻孔闭锁手术时，应确保选择经验丰富的耳鼻喉科医生，并遵循其建议以减少风险。此外，定期复查是必要的，以便监测任何潜在的并发症或持续存在的问题。