做了肛瘘手术后会有轻微至中度的疼痛。

肛瘘手术涉及移除受影响的肛门组织，因此会导致一定的疼痛。这种疼痛程度因人而异，取决于个人的疼痛阈值以及是否伴有并发症。

如果术后患者出现剧烈腹痛、发热等症状，则可能是并发了感染或穿孔等严重并发症，需要及时就医处理。

术后患者应遵循医嘱服用止痛药物，并注意伤口护理与饮食调整，以减少术后不适感。