早上起床牙周炎可以考虑服用甲硝唑、克林霉素、布洛芬、阿莫西林、头孢克肟等药物。由于牙周炎可能需要专业治疗，建议患者及时就医以便获得适当的治疗。

1.甲硝唑

甲硝唑可作为厌氧菌感染的首选药物。该药物具有抗厌氧菌的作用，能够抑制细菌的脱氧核糖核酸的合成，从而干扰细菌的生长、繁殖。服用甲硝唑期间应避免饮酒，因为甲硝唑与酒精可能产生双硫仑样反应，引起恶心、呕吐、心悸等不适症状。

2.克林霉素

克林霉素适用于敏感菌引起的牙周炎。其为一种林可酰胺类抗生素，通过抑制细菌蛋白质合成而起到抗菌作用。使用克林霉素需监测肝功能，长期应用可能导致假膜性肠炎等不良反应。

3.布洛芬

布洛芬可用于缓解牙周炎引起的轻度至中度疼痛。该药物属于非甾体抗炎药，能减少前列腺素的合成和释放，降低神经敏感性，从而减轻炎症所致的疼痛。服药期间不宜驾驶机动车辆或进行其他需要精神集中的工作。

4.阿莫西林

阿莫西林对于青霉素敏感的革兰氏阳性球菌及杆菌有良好的治疗效果，因此当患者对阿莫西林不过敏时，可以用于改善牙周炎的症状。建议饭后口服以减少胃肠道不适的发生率。

5.头孢克肟

头孢克肟也适合针对由特定细菌引起的牙周炎。此药物为第三代头孢菌素类抗生素，能够有效杀灭多种细菌。使用头孢克肟时应注意观察是否有过敏反应发生，如出现皮疹、瘙痒等症状应及时停药并就医处理。

以上提及的所有药物均需要遵医嘱合理使用。此外，患者平时还要注意口腔卫生，早晚刷牙，进食后及时漱口，以免加重病情。