婴幼儿扁桃体炎主要由链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌及流感嗜血杆菌等细菌感染引起。

上述提及的细菌是常见的呼吸道致病菌，可通过空气飞沫传播或直接接触传播进入人体，导致扁桃体黏膜发生炎症反应。若未及时治疗，可能导致并发症，因此家长需要密切关注孩子的病情变化，并按医嘱使用抗生素进行治疗。

极少数情况下，也可能由真菌感染所致，如白色念珠菌。此时需结合实验室检查结果以确定致病微生物类型。

在婴幼儿扁桃体炎的诊治过程中，应避免过度使用抗生素以防耐药性产生，同时保持良好的个人卫生习惯也是预防的关键措施之一。