半夜肛门里面坠痛醒来可能是内痔脱垂、直肠息肉、直肠脱垂、肛裂、结肠炎等疾病引起的，需根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的诊断和治疗。

1.内痔脱垂

内痔位于齿状线以上，由于静脉丛曲张或者肛垫下移等原因导致其病灶向肛门外突出，当患者处于平卧位时，容易加重内痔的症状，进而出现疼痛的情况。对于内痔脱垂引起的疼痛，可以考虑使用药物进行止痛治疗，如对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊等非甾体抗炎药。

2.直肠息肉

直肠息肉是发生在直肠黏膜上的良性肿瘤，可能因为遗传因素、生活习惯不当所致。息肉可刺激直肠壁产生不适感，当患者处于平卧位时，这种不适感可能会加剧，从而引起疼痛。针对直肠息肉的治疗通常需要通过内镜手术切除，例如经内镜黏膜切除术、内镜黏膜下剥离术等。

3.直肠脱垂

主要是由腹压增加、盆底肌肉松弛等因素导致的，会导致直肠黏膜、肛管和部分降结肠下移，当患者处于平卧位时，脱出部位受到压迫或摩擦，就会诱发疼痛的发生。对于轻度的直肠脱垂，可以通过提肛运动来改善症状，每次收缩肛门3秒后放松，重复20次，每日做2-3次。

4.肛裂

肛裂多由便秘、腹泻、肛门局部感染等因素引起，这些因素可能导致肛门皮肤和黏膜损伤，形成小溃疡。当患者处于平卧位时，由于重力作用使血液回流受阻，易加重肛门周围血液循环障碍，加剧肛裂处的疼痛。对于肛裂的患者，可以在医生指导下使用红霉素软膏、氢化可的松乳膏等药物缓解疼痛。

5.结肠炎

结肠炎是由各种原因导致的结肠炎症反应，如细菌、病毒、食物过敏等，炎症因子刺激结肠组织，导致结肠黏膜充血水肿甚至糜烂出血，此时若患者处于平卧位状态，则会加重结肠内部压力，进一步加剧炎症反应，从而引发疼痛。结肠炎患者可在医生指导下服用柳氮磺吡啶肠溶片、美沙拉嗪肠溶片等药物进行治疗。

建议关注排便习惯和大便性状的变化，定期进行肛门指诊和肠道影像学检查，以早期发现并处理相关病变。日常生活中应保持良好的饮食习惯，避免食用辛辣刺激性食物，以免加重病情。