经皮肾镜通常不会直接导致肾萎缩，但在特定条件下可能存在风险。

经皮肾镜是一种侵入性手术，虽然本身不会直接导致肾萎缩，但如果不规范操作或术后管理不当，可能会引发感染、出血等并发症，这些并发症可能导致肾功能受损，从而影响肾脏结构和功能，长期发展可能导致肾萎缩。

因此，需要严格控制手术风险，定期监测肾功能和影像学检查以评估病情变化。

如果患者在术中出现尿液外渗、血肿形成等情况，也可能引起继发性肾损害，进而加重肾萎缩的风险。

在实施经皮肾镜手术时，应考虑患者的个体差异，并遵循严格的医疗标准和指南，以减少潜在风险。同时，术后需密切观察患者症状，及时处理任何异常发现，确保比较好预后。