三个月婴儿枕秃可能是由维生素D缺乏、钙质缺乏、睡眠环境不当、头皮湿疹、头癣等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素D缺乏

维生素D有助于促进钙吸收和利用，若婴儿体内缺乏维生素D，则会导致骨骼发育不全、颅骨软化等现象。可通过遵医嘱使用维生素AD滴剂、维生素D滴剂进行补充。

2.钙质缺乏

钙是构成骨骼的重要元素，缺钙会影响骨骼的生长和发育，导致颅骨硬度下降，从而引起颅骨软化和变形。

可以适当食用含钙量较高的食物如牛奶、虾皮等来补钙。必要时也可遵照医生的意见服用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3咀嚼片等药物进行改善。

3.睡眠环境不当

睡眠环境中的温度过高或者过低都可能影响宝宝的睡眠质量，进而出现频繁摇头的情况。调整好室内的温度以及湿度，保持适宜的睡眠环境即可缓解不适。

4.头皮湿疹

头皮湿疹是由多种内、外因素引起的皮肤炎症反应，可表现为丘疹、水疱、渗出等症状，当瘙痒严重时，患者可能会通过摩擦头部来止痒，从而形成枕部脱发的现象。建议家长及时带孩子到医院就诊，在医生指导下局部涂抹炉甘石洗剂、他克莫司软膏等药膏进行治疗。

5.头癣

头癣由真菌感染引起，具有一定的传染性，可通过直接接触传播，典型症状包括脱发斑块、鳞屑和头皮炎。患儿可在医生指导下使用酮康唑洗剂、二硫化硒洗剂等药物进行治疗。

针对三个月婴儿的枕秃，应关注维生素D和钙质的充足摄入，以促进骨骼健康。此外，定期进行儿科体检，监测身高和体重增长情况，如有异常应及时就医。