肛门指检后疼痛伴有出血，首先考虑是由于指套上的血液引起的，但也不排除是痔核破裂、肛裂等原因导致的，需要及时就诊以确定具体原因。

肛门指检是一种常见的检查方法，通常会使用润滑过的手指轻柔地插入患者的肛门中进行触摸检查。如果指套上存在血液，在插入过程中可能会引起轻微的创伤和出血，导致疼痛和出血的现象发生。痔核破裂是指痔静脉壁因长期炎症刺激、外伤等因素作用下逐渐变薄，最终在一定程度上失去张力而发生的破裂现象，容易出现排便困难、肛门疼痛等症状。肛裂则是由便秘、腹泻等引起的肛管皮肤全层的小溃疡，典型症状为肛门剧烈疼痛、便血及便秘。

此外，还应考虑是否存在结肠炎、直肠息肉等疾病，这些疾病也可能导致指检后的不适感以及出血现象。针对不同病因，治疗方法各异，因此需进一步完善相关检查明确诊断。

总之，在进行肛门指检后若发现疼痛与出血，应避免过度紧张，并保持局部清洁干燥。同时还要注意观察病情变化，以便及时处理可能存在的并发症。