感染衣原体后通常不能自愈，需要积极治疗以防止并发症的发生。

衣原体感染是一种细菌性感染，具有一定的传染性，如果不及时进行抗感染治疗，可能会引起生殖道、尿道等部位的炎症反应。

这些炎症反应会导致局部组织的破坏和修复过程，进而影响身体的正常生理功能，所以不能自愈。此外，衣原体还可以侵犯呼吸道，引起肺炎等严重疾病，进一步加重病情，增加治疗难度。因此，对于衣原体感染，应尽早诊断和治疗，以减少并发症的风险。

除了上述提及的主要原因外，还可能与患者自身免疫状态有关。免疫力低下的人群更容易发生感染，因为其机体对抗病原体的能力较弱，无法有效清除衣原体。

在衣原体感染的情况下，强调个人卫生和避免接触传播途径是非常重要的。同时，建议患者定期复查，监测病情变化，以便及时发现和处理任何潜在的并发症。