睡觉经常被呛醒然后咳嗽可能是由慢性支气管炎、支气管哮喘、胃食管反流病、肺结核、过敏性鼻炎等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.慢性支气管炎

慢性支气管炎是由长期吸烟、感染或其他有害颗粒引起的气道炎症。

这种炎症导致气道敏感度增加，易受刺激而引起呛咳。患者可遵医嘱使用阿奇霉素片进行抗感染治疗。

2.支气管哮喘

支气管哮喘是一种慢性的呼吸系统疾病，由于遗传因素和环境因素共同作用导致气道出现高反应性。这使得患者对各种刺激更加敏感，容易在夜间出现呛咳。患者可以按医嘱使用硫酸沙丁胺醇气雾剂缓解急性发作期的症状。

3.胃食管反流病

胃食管反流病是由于食管下括约肌功能障碍导致胃内容物逆流入食管，引起呛咳的情况发生。患者可在医生指导下口服雷贝拉唑钠肠溶胶囊抑制胃酸分泌，改善不适症状。

4.肺结核

肺结核是由结核分枝杆菌感染引起的传染病，在病情活动时会导致呼吸道黏膜受损，从而引起呛咳的现象。患者应遵照医嘱接受异烟肼片、利福平胶囊等药物进行规范化的抗结核治疗。

5.过敏性鼻炎

过敏性鼻炎通常由花粉、尘螨等过敏原引起，当这些物质进入呼吸道时会引起局部免疫反应，导致喉咙痒和咳嗽。患者可以在医生指导下使用糠酸莫米松鼻喷雾剂、丙酸氟替卡松吸入气雾剂等药物来减轻症状。

针对睡眠中呛咳的问题，建议定期进行胸部X光、肺功能测试以及过敏原检测以评估肺部状况和过敏状态。保持良好的生活习惯，如戒烟限酒、规律作息，有助于减少呛咳的发生。