上颌窦牙源性囊肿手术后的后遗症风险较小。

上颌窦牙源性囊肿手术是在专业医生指导下进行的常规口腔手术，一般不会对患者造成严重的损伤。少数情况下可能出现并发症如感染、出血等，但及时发现和处理可有效降低风险。建议定期复查以监测病情变化，并遵循医嘱做好术后的护理工作。

在极罕见的情况下，上颌窦牙源性囊肿手术可能会导致长期并发症，如鼻窦炎或嗅觉减退。

因此，在进行上颌窦牙源性囊肿手术时，应严格遵守医疗规范，确保手术的安全性和有效性，减少术后不良反应的发生。