颅颈交界畸形手术的风险因个体差异而异，通常取决于患者年龄、基础健康状况及是否存在合并症。

患者年龄越大，身体各系统的生理储备越低，承受手术压力的能力也相对较弱，因此手术风险会相应增加。此外，基础健康状况如心血管疾病或肺部疾患可能影响术后恢复；合并症如糖尿病则会影响伤口愈合与感染控制，进一步提升手术风险。

如果患者存在凝血功能异常或服用抗凝药物，则会增加出血等并发风险。

颅颈交界区畸形的治疗需谨慎评估风险与收益，并在专业神经外科医师指导下进行。