凌晨三点咳嗽厉害可能是慢性支气管炎、支气管哮喘、过敏性鼻炎、肺结核、胃食管反流病等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.慢性支气管炎

慢性支气管炎是由长期吸烟、感染等因素导致的气道炎症，夜间迷走神经兴奋性增高加重了呼吸道痉挛和分泌物增多，从而引起凌晨三点出现剧烈咳嗽。患者可遵医嘱使用氨茶碱等支气管扩张剂以缓解症状。

2.支气管哮喘

支气管哮喘是一种慢性气道炎症性疾病，由于夜间激素水平下降诱发气道收缩和炎症反应加剧，所以会出现凌晨三点咳嗽的情况。针对此病症，医生可能会开具短效β-受体激动剂如沙丁胺醇进行急救。

3.过敏性鼻炎

过敏性鼻炎患者的免疫系统对特定物质产生过度反应，导致黏膜水肿和分泌物增加。这些分泌物可能在睡眠时倒流入咽喉部位刺激咳嗽中枢，因此会在凌晨出现频繁咳嗽。抗组胺药物如西替利嗪可用于减轻过敏症状，减少咳嗽发生频率。

4.肺结核

肺结核是由结核分枝杆菌引起的传染病，在凌晨时人体处于静息状态，此时免疫功能较弱，结核菌容易繁殖并产生毒素，刺激呼吸道上皮细胞，进而引发咳嗽。对于肺结核，通常采用异烟肼联合利福平为主的化疗方案进行治疗。

5.胃食管反流病

胃食管反流病是由于食管下括约肌功能障碍导致胃内容物逆流至食管，当胃酸和胃内容物回流到咽喉部时，会对局部黏膜造成刺激，引起咳嗽反射。患者可在医师指导下口服雷贝拉唑钠肠溶片、奥美拉唑肠溶胶囊等质子泵抑制剂来改善症状。

建议关注是否有夜间打鼾、呼吸暂停等症状，必要时进行睡眠监测排除睡眠呼吸暂停综合征。此外，还可以进行胸部X光片或CT扫描以评估肺部状况。