牙齿挨着肉的地方发黑疼痛可能是龋齿、牙髓炎、牙周炎、食物染色、药物副作用等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的治疗。

1.龋齿

由于细菌产生的酸侵蚀牙釉质和牙本质，导致牙齿结构破坏，出现黑色龋洞，进而引起疼痛。使用含氟牙膏刷牙、定期口腔卫生维护可预防龋病发展。

2.牙髓炎

当龋齿未及时治疗，细菌进一步深入牙髓腔内，引起炎症反应，此时可能会出现牙齿内部组织的感染和坏死，从而引发疼痛。

根管治疗是常见的牙髓炎治疗方法，通过清除受损的牙髓组织来缓解疼痛并保留患牙。

3.牙周炎

牙周炎是由牙菌斑生物膜引起的牙周支持组织的慢性感染性炎症。病变部位的软硬组织会出现红肿、出血、深部牙周袋形成等症状，因此会导致局部颜色改变。龈上洁治术是常用的牙周炎治疗方法之一，旨在去除牙石和菌斑等致病因素，控制和预防病情进展。

4.食物染色

食用某些色素较重的食物后可能导致暂时性的牙齿变色。一般情况下不需要特殊处理，可通过漱口或刷牙等方式将其清除。

5.药物副作用

长期服用某些药物如铁剂、氯化物等可能引起牙齿着色。减少服药期间摄入高色素食物，同时注意保持良好的口腔卫生习惯以减轻影响。

建议患者定期进行口腔检查，特别是对于存在龋齿或其他口腔疾病的个体，以便早期发现并治疗相关问题。此外，应避免长时间咀嚼坚硬食物，以减少对受影响区域的机械刺激。