手足口病后大便发黑不成形可能是由肠道感染引起的食物不耐受、药物副作用、消化系统疾病所致。

肠道感染：手足口病是由肠道病毒感染引起的，当肠道受到损伤时，会导致消化功能减弱，进而影响食物的吸收和利用，出现大便不成形且伴有颜色改变的现象。

食物不耐受：部分患者可能存在乳糖不耐受或某些蛋白质不耐受的情况，这使得他们在摄入含有乳糖或特定蛋白质的食物后，容易引发肠胃不适，表现为腹胀、腹泻等症状，并伴随有不同程度的消化不良，导致大便性状改变。

药物副作用：在治疗手足口病的过程中，患者可能会使用一些抗病毒药物或抗生素，这些药物可能会影响肠道菌群平衡，进而导致消化功能紊乱，使大便颜色异常。

消化系统疾病：如慢性胃炎、十二指肠溃疡等，由于胃肠黏膜存在炎症或溃疡，会引起消化液分泌减少或消化酶活性降低，从而导致食物不能充分消化吸收，出现大便颜色及形态改变。

如果症状持续或伴有其他不适，建议及时就医以确定具体原因并接受适当治疗。

若患者既往有痔疮史，则需考虑是否存在痔出血的可能性。

针对手足口病患者的临床表现，应密切观察病情变化，避免剧烈运动，保持充足休息，以促进身体恢复。同时，注意饮食调整，避免辛辣刺激性食物，以免加重胃肠负担。