宝宝喉咙两侧有脓疱，多数是出现了化脓性扁桃体炎、咽炎、疱疹性咽峡炎等疾病，建议尽早就诊，查明病因，在医生的指导下进行针对性的治疗。

1、化脓性扁桃体炎：是由于各种致病微生物引起的腭扁桃体的急性化脓性炎症，临床表现为咽痛、高热、畏寒，可出现宝宝喉咙两侧有脓疱的情况。可以在医生的指导下给予敏感抗生素治疗，如阿莫西林、阿奇霉素等。对于高热的宝宝，还需给予布洛芬、对乙酰氨基酚等药物进行退热治疗;

2、咽炎：是指咽部黏膜、黏膜下及淋巴组织的炎症，主要表现为咽部干燥、灼热感、异物感、吞咽困难等症状，可能会导致宝宝喉咙两侧有脓疱。可遵医嘱给予复方氯己定含漱液等漱口，也可使用阿莫西林等抗生素进行治疗。对于病毒感染导致的，可遵医嘱使用利巴韦林等抗病毒药物;

3、疱疹性咽峡炎：是由肠道病毒引起的小儿急性上呼吸道感染疾病，临床表现为高热、咽痛、厌食、腹泻等症状，也可出现宝宝喉咙两侧有脓疱的情况。可遵医嘱使用干扰素、利巴韦林等药物进行治疗。对于发热的宝宝，可给予布洛芬、对乙酰氨基酚等药物进行退热治疗;

4、其他原因：如果宝宝因细菌感染导致喉咙两侧有脓疱，可遵医嘱使用头孢克肟、青霉素等抗生素进行治疗。如果因病毒感染导致，可遵医嘱使用奥司他韦等抗病毒药物进行治疗。