月经不调检查一般不会很痛苦。

月经不调检查通常包括基础性激素检测、超声波检查等无创性操作，不需要穿刺或切开身体组织，因此不会引起剧烈疼痛。个别情况下，如宫颈涂片采样可能会有轻微不适，但一般都可以忍受。

如果患者在做妇科内检时出现阴道出血的症状，则可能比较痛，此时是比较正常的现象，因为医生在使用器械触碰宫颈的过程中会导致局部毛细血管破裂而引起少量出血，进而导致疼痛症状的发生。

对于月经不调的女性来说，建议定期进行体检以及妇科检查，以确保身体健康。若发现任何异常应及时就医，并遵医嘱接受进一步的诊断和治疗。