先天性肛门直肠畸形最常见的合并畸形是尿道下裂。

先天性肛门直肠畸形与胚胎发育过程中消化管末端未正常闭合有关。尿道下裂则是因为两侧尿生殖沟前缘未完全融合所致，导致部分或全部阴茎海绵体间的尿道板出现缺损。

先天性肛门直肠畸形可能表现为排便困难、腹胀或呕吐；尿道下裂可引起尿液分流、排尿时尿线分叉等现象。

针对这两种情况，可以进行超声波检查以评估肛门直肠结构是否异常以及尿道开口位置；还可以通过X光检查观察骨盆和脊柱是否存在异常。对于先天性肛门直肠畸形，通常采用手术矫正，如肛门成形术；尿道下裂可通过手术修复，例如尿道下裂修补术。

患者应保持良好的个人卫生习惯，避免使用刺激性强的洗剂清洗患处，以免加重皮肤损伤。同时还要定期复查，以便及时发现并处理可能出现的问题。