自然流产孕囊可以通过保宫手术、清宫术、孕酮补充、抗生素治疗、止血药物等治疗措施进行处理。如果出现阴道大量出血或持续性腹痛，应立即就医以避免并发症。

1.保宫手术

保宫手术旨在通过微创技术保留子宫结构，减少对生殖系统的影响。此方法适用于希望继续妊娠且子宫状态良好的患者。

2.清宫术

清宫术是将宫腔内残留物清除干净的一种手术方式，从而达到止血的目的。该手术适合于药物流产后仍有组织残留的情况。

3.孕酮补充

孕酮是一种天然激素，在孕期起到维持子宫稳定的作用。补充外源性孕酮可以支持子宫内膜健康，预防习惯性流产。对于黄体功能不足导致的反复自然流产，孕酮补充是非常必要的。

4.抗生素治疗

抗生素治疗可预防感染，防止因感染引起的进一步并发症。在自然流产后使用抗生素是常规做法，以确保没有细菌感染发生。

5.止血药物

止血药物如氨甲环酸能够帮助控制出血，促进伤口愈合。对于轻度至中度的流产后出血，止血药物是一个有效的选择。

无论采取何种处理方式，都要严格遵守医嘱，并定期复查以监测身体恢复情况。此外，建议女性在流产后注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持阴部清洁干燥，以免引起感染。