十六岁女孩月经三个月没来可能是下丘脑功能异常、垂体腺瘤、卵巢早衰、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退等疾病因素导致的，需根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的诊断和治疗。
1.下丘脑功能异常
下丘脑是调节生殖激素的重要中枢，其功能异常可能导致促性腺激素释放激素分泌不足，进而影响卵泡发育和排卵。针对下丘脑功能异常导致的闭经，可以遵医嘱使用亮丙瑞林、曲普瑞林等药物进行治疗。
2.垂体腺瘤
垂体腺瘤可压迫下丘脑，使GnRH脉冲发生器受损，从而干扰正常的月经周期。对于垂体腺瘤引起的闭经，手术切除肿瘤是最常见的治疗方法，如内镜下微创垂体瘤摘除术。
3.卵巢早衰
卵巢早衰是指40岁之前卵巢功能衰退，雌激素水平下降，影响卵泡发育和成熟，导致月经停止。补充雌孕激素是常用的治疗方法，如戊酸雌二醇片、结合雌激素片等，需在医生指导下使用。
4.多囊卵巢综合征
多囊卵巢综合征是一种复杂的生殖内分泌代谢疾病，以雄激素升高、持续无排卵、卵巢多囊样改变等为特征，表现为多毛、痤疮、月经不规律、不孕等。由于雄激素刺激导致下丘脑-垂体-卵巢轴反馈抑制减弱，引起LH/FSH比值增高，导致卵泡未破裂卵泡黄素化，形成陈旧卵泡，无法正常排出卵子，所以会导致月经推迟。患者可以在医生指导下服用炔雌醇环丙孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物进行调理。
5.甲状腺功能减退
甲状腺功能减退时，甲状腺激素合成与分泌减少，通过负反馈机制影响下丘脑TRH和垂体TSH的合成与释放，降低下丘脑-垂体-卵巢轴系统的敏感性，导致月经紊乱甚至停经。患者可在医生指导下口服左甲状腺素钠片、甲状腺片等药物进行治疗。
建议关注体重变化，因为肥胖可能会影响月经周期。若月经长期不来潮，建议进行盆腔超声检查以评估子宫内膜厚度，同时还要抽血检测激素水平，包括雌激素、孕酮、促卵泡激素以及甲状腺功能指标，以排除其他潜在的内分泌失调因素。
